Nace en La Habana, de procedencia social obrero, hijo de Magaly Llort Ruiz y Fernando Rafael González Quiñones.
En 1968 inicia sus estudios primarios cursando del primero al cuarto grado en la escuela Mártires Latinoamericanos; posteriormente el quinto y sexto grados en la escuela "Vo Thi Tan", ambos en Ciudad de La Habana.
Desde muy temprana edad se caracterizó por su seriedad y dedicación a los estudios, obteniendo buenos resultados docentes. En 1973 inicia sus estudios secundarios en la ESBEC "José Martí", en Batabanó, trasladándose posteriormente a la ESBEC "José Martí", en San Antonio de los Baños. En esta etapa se incorpora a la FEEM, ocupando cargos a nivel de aula.
Entre 1978 y 1981, cursa estudios en el preuniversitario "José Carlos Mariátegui", en la Isla de la Juventud, graduándose entre los tres primeros expedientes del curso.
En 1981 ingresa en las filas de la Unión de Jóvenes Comunistas (UJC), como resultado de su ascendente trayectoria estudiantil y política.
De 1981 a 1987, cursa estudios universitarios en el Instituto Superior de Relaciones Internacionales, "Raúl Roa García", ocupando diversos cargos en la Federación de Estudiantes Universitarios (FEU) y en la UJC, donde se proyecta como dirigente estudiantil ejemplar, con una elevada conducta y graduándose con Diploma de Oro.
Durante sus estudios universitarios se destaca, además, en la promoción de eventos culturales, participando activamente en los festivales de teatro del centro de estudios.
Entre 1987 y 1989, cumple misión internacionalista en la República Popular de Angola, recibiendo, al finalizar su misión, las medallas Combatiente Internacionalista de segunda clase, y Por la victoria Cuba-República Popular de Angola.
Como resultado de su trayectoria, en 1988 se le otorga la militancia en el Partido Comunista de Cuba.
A raíz del incremento de las actividades terroristas y provocadoras que tienen lugar en la década de los 90, Fernando sale a mediados de ese período a cumplir misiones de control y obtención de información, sobre el accionar de varios cabecillas y miembros de las distintas organizaciones contrarrevolucionarias radicadas en la Florida.
Siempre se ha caracterizado por su madurez, sentido de responsabilidad y exactitud en el cumplimiento de las tareas a él asignadas.
Su madre es una intachable revolucionaria, que ha dedicado su vida a la formación de Fernando, estimulando en forma entusiasta sus ideales internacionalistas, patriotas y humanistas.
Durante los años de estancia de su hijo en Estados Unidos, incluido el período de detención, Magaly mantuvo una postura sólida, discreta, siempre orgullosa de la conducta intransigente de Fernando en la cárcel.
Su padre trabajó vinculado a algunas instituciones docentes en Ciudad de La Habana y desde 1997 reside en España.
Fernando González Llort tiene dos hermanas: Marta González Llort y Lourdes González Llort, ambas graduadas universitarias.
Fernando está casado con Rosa Aurora Freijanes Coca, graduada de técnico medio en economía.
Fernando junto a sus otros compañeros recibió el título de Héroe de la República de Cuba.
Tanto él como Gerardo Hernández, René González, Antonio Guerrero y Ramón Labañino son detenidos en septiembre de 1998 por el Buró Federal de Investigaciones norteamericano, con lo cual comienza un tortuoso camino de ensañamientos y violaciones legales y humanas.
En diciembre de 2001, Fernando es condenado en Miami a 19 años de prisión, bajo el cargo nunca probado de poner en peligro la seguridad de Estados Unidos, y en un proceso de re-sentencia dispuesto por el XI Circuito de la Corte de Apelaciones de Atlanta, esa injusta pena es modificada en el 2009 a 17 años más nueve meses.
Cubano típico, como lo caracteriza su madre Magaly Llort, gusta de ir a fiestas, a la playa y de saborear el criollo plato de yuca con mojo. Sus conocidos aprecian el ánimo que le posibilita ahora resistir con entereza y optimismo estos casi 14 años de odio vengativo.
Cumplió su condena en una prisión de Minnesota separado de los otros cuatros compañeros también sancionados por la misma corte.
El 27 de febrero de 2014, tras cumplir una condena de 17 años y 9 meses, fue liberado de la cárcel de Safford, Arizona, para ser deportado a Cuba. El día siguiente regresó a Cuba y fue recibido por familiares, amigos y los altos dirigentes del Estado y el Gobierno Cubano.
El 24 de febrero de 2015 fue condecorado con el título de Héroe de la República de Cuba y la Orden Playa Girón.
El 28 de marzo de 2017 es nombrado presidente del Instituto Cubano de Amistad con los Pueblos (ICAP). Fue elegido para Diputado a la Asamblea Nacional del Poder Popular el 18 de abril de 2018 en la Sesión Constitutiva de la IX Legislatura, celebrada en el Palacio de Convenciones de La Habana.