Es considerado como una de las figuras científicas de mayor trascendencia de Cuba y América Latina. Fue historiador, etnólogo, sociólogo, lingüista, musicógrafo, jurista y crítico. Su aporte a la cultura cubana e iberoamericana constituyó un imperecedero legado para el patrimonio de nuestro continente. Creó y desarrolló conceptos tales como la «transculturación» y los «estudios afrocubanos», difundidos ampliamente en los más diversos ámbitos.
Don Fernando Ortiz, en su segundo matrimonio, se casó con María Herrera, quien le acompañó el resto de su vida. María fue una estrecha colaboradora del maestro, de cuya unión nació María Fernanda Ortiz, quien, como su madre, fue solícita con la obra del sabio cubano, a quien cuidó con cariño filial.
Toda su infancia y su primera juventud transcurrió en Menorca (Islas Baleares). Cursó estudios de Derecho Civil y Derecho Público en las Universidades de Barcelona, Madrid y La Habana. Durante algún tiempo residió en París y en Italia, donde sus estudios sobre criminología le hacen entablar amistad con César Lombroso y Enrico Ferri.
Fue profesor durante nueve años en la Universidad de La Habana y estuvo entre los iniciadores de la Universidad Popular. Perteneció a la Sociedad Económica de Amigos del País y fue elegido como su Presidente desde 1923 hasta 1932. Integró la Cámara de Representantes de Cuba desde 1917 hasta 1927 y elaboró en 1926 el Proyecto de Código Criminal Cubano que contenía un programa de reformas legislativas y administrativas muy avanzado para la época. Elaboró igualmente diferentes propuestas sobre el sistema educacional cubano.
Figuró en el Grupo Minorista de tanta repercusión en la cultura y la política cubanas en la década del 30 y se relacionó muy estrechamente con intelectuales y artistas de renombre como Juan Ramón Jiménez, Federico García Lorca, Nicolás Guillén, Wifredo Lam, Alejo Carpentier, Rita Montaner, María Zambrano, Fernando de los Ríos y otros.
Fundó y editó las publicaciones Revista de Administración Teórica y Práctica del Estado, la Provincia y el Municipio (1912), Archivos del Folklore (1924), Surco (1930) y Ultra (1936).
Creó, formó parte y contribuyó con sabiduría y sus iniciativas, a las siguientes instituciones: Sociedad del Folklore Cubano (1923), Instituto Panamericano de Geografía (1928), Sociedad de Estudios Afrocubanos (1937), Instituto Internacional de Estudios Afroamericanos (1943), Institución Hispanocubana de Cultura (1926) e Instituto Cultural Cubano-Soviético (1945).
En la Universidad de La Habana impartió seminarios de verano que constituyeron un hito en el proceso de conocimiento de la identidad cubana. De esos seminarios surgieron figuras tan relevantes en los estudios etnomusicales y etnográficos como Argeliers León, María Teresa Linares, Isaac Barreal y otros. Su vida estuvo dedicada al descubrimiento de lo cubano y al rescate y revalorización de la presencia africana en la cultura cubana. Indagó y profundizó en los procesos de transculturación y formación histórica de la nacionalidad cubana.
Asistió a numerosos congresos y seminarios internacionales, entre otros la Sexta Conferencia Internacional Panamericana (1928), Primer Congreso Internacional Demográfico Interamericano (1943), Congreso Internacional de Arqueología (1945), Congreso Internacional de Americanistas (1952), Congreso de Antropología y Etnología (1952), Congreso Internacional del Folklore (1954), celebrados en México, Oxford, Sao Paulo y otros lugares, Fue Delegado al Congreso Cultural de La Habana en 1968. En la década del 50 fue propuesto al Premio Nóbel de la Paz.
En su larga y fructífera vida publicó más de cien títulos, entre libros y folletos, siendo sus obras principales: Los negros brujos (1906), Entre cubanos (1913), La identificación dactiloscópica (1913), Los negros esclavos (1916), La fiesta afrocubana del Día de Reyes (1920), Los cabildos afrocubanos (1921), Historia de la arqueología indocubana (1922), Un catauro de cubanismos (1923), Glosario de afronegrismos (1924), Proyecto de Código Criminal Cubano (1926), Contrapunteo cubano del tabaco y el azúcar (1940), Los factores humanos de la cubanidad (1949), Martí y las razas (1942), El engaño de las razas (1946), El huracán, su mitología y sus símbolos (1947), La africanía de la música folklórica de Cuba (1950), Wifredo Lam y su obra vista a través de significados críticos (1950), Los bailes y el teatro de los negros en el folklore cubano (1951), Los instrumentos de la música afrocubana (1952, 5 vols.) e Historia de une pelea cubana contra los demonios (1959).
«Tan ancha y honda fue la tarea de Don Fernando -escribió Juan Marinello- que puede cargar, sin pandearse, con el título de Tercer Descubridor de Cuba...»
