Estuvo ligado a importantes sucesos de la Historia de Cuba.
Nació en la villa San Salvador de Bayamo, en el año 1778, en una casa situada en la calle San Juan (hoy José Martí). Era hijo de Don Simón Baptista y Ayala, notario archivista de la Curia eclesiástica, y Doña María de la Concepción Ramírez.
Desde muy joven se incorporó a la carrera sacerdotal, y posiblemente obtuvo la toga en el Seminario San Basilio el Magno de Santiago de Cuba. El 2 de octubre de 1815, al fallecer el presbítero Francisco Rodríguez, pasó a ocupar el puesto de cura rector y capellán de la Iglesia Parroquial Mayor. Con mucho orgullo hacía su presentación como Padre Baptista, sacerdote cubano.
Por su talento y devoción alcanzó gran fama, siendo uno de los más famosos oradores sagrados de la provincia. En 1820 ya poseía el título de Doctor en Sagrados Cánones y se señalaba como presbítero beneficiado.
Tenía espíritu abierto a las ideas reformistas que se comenzaban a vislumbrar en aquella época y a la amabilidad de su carácter, hicieron que fuera un verdadero director espiritual de las familias bayamesas. A las cualidades apuntadas se unía otra, su patriotismo, en el púlpito, en el confesionario, en sus visitas familiares, en simples conversaciones, más que al sacerdote se veía al patriota.
El espíritu patriótico del Padre Batista hizo que Perucho Figueredo y Manuel Muñoz Cedeño lo contactaran para tocar dentro de la Iglesia el himno La Bayamesa como si fuera una alabanza a Dios. Escogieron para el suceso el 11 de junio de 1868 en el marco de la misa y procesión del Corpus Christi. Por supuesto, unas notas musicales tan ardientes llamaron la atención del teniente gobernador Julián Udaeta quien llamó a los músicos Figueredo y Muñoz para indagar el ritmo que habían dado a conocer.
Desde el púlpito de la iglesia de Bayamo abogó por la lucha armada contra el Gobierno español. Durante las procesiones evidenciaba su amor al pueblo y a los símbolos creados por los criollos. Muchas veces enfrentó la furia de las autoridades coloniales por la manera en que el Padre Baptista los amonestaba públicamente ante cualquier falta con los preceptos canónicos.
De esta manera, justamente, se le ha considerado el verdadero precursor de la llama libertaria de octubre de 1868, incluso se ha dicho que fue el padre de esos acontecimientos, pues esa generación bravía y romántica fue obra de sus manos.
El Padre Baptista celebró con entusiasmo la toma de la ciudad de Bayamo, el 20 de octubre de 1868 por las fuerzas de Carlos Manuel de Céspedes. El jefe de la Revolución en sus decretos estipulaba la asistencia de las tropas a la Iglesia, en la confianza de que el sacerdocio de la misma trasmitía en mensaje humano, justo y revolucionario. El 8 de noviembre de 1868 recibió a Céspedes con honores de jefe de Estado y bendijo la bandera de la Revolución, diseñada por Céspedes.
Una vez quemada la ciudad, en enero de 1869, el Padre Baptista no marchó a la manigua debido a su avanzada edad, pues tenía entonces 90 años.
El general Conde de Valmaseda lo consideró infidente, y lo trasladó a la ciudad de Santiago de Cuba. Las autoridades coloniales quisieron radicarle causa criminal por los hechos acontecidos en la Iglesia de Bayamo de franco contenido independentista. Pero no prosperó porque las autoridades temían que el escenario del juicio se convirtiera en una denuncia de los desmanes del gobierno en labios de un hombre tan culto y conocedor de muchas interioridades de los ellos mismos, de los cuales había sido confesor.
El 20 de julio de 1872 ante el notario Rafael Ramírez hizo testamento mediante el cual declaraba heredera universal a Doña Angela María Llorente, a quien legó las fincas rústicas Cayo Largo de ocho caballerías de tierra y el potrero San Francisco de 25 caballerías, ubicadas en el partido de El Dátil, municipio Bayamo.
El longevo sacerdote criollo falleció de consunción en la ciudad de Santiago de Cuba, el 14 de febrero de 1876, a la edad de 98 años. Su sepelio constituyó una gran marcha del pueblo hacia el Cementerio de Santa Ifigenia.