La carrera del ganador del Premio Grammy el bajista Charles Flores comenzó en Cuba, en 1989, con el cantante cubano de jazz el compositor Bobby Carcasses. Mientras tocaba junto a Carcasses, fue reclutado por el pianista Emiliano Salvador, una de las principales figuras en la historia del jazz cubano. En los tres años siguientes tocó en Europa y América Latina con Salvador y su cuarteto.
Charles continuó su carrera musical con el grupo de fusión latina "AfroCuba" durante 1992 y 1993 grabando un CD titulado "Acontecer".
Luego de su estancia en AfroCuba se unió al Grupo de Isaac Delgado e hizo giras internacionales en este tiempo grabo tres CDs entre los que se incluyen "Con Ganas", "El Chévere de la Salsa y el Caballero del Son" y "El año que viene". A mediados de la década de 1990, Flores decidió no regresar a Cuba durante una gira por Perú.
La creatividad de Charles Flores y su estilo diferente de tocar se demostró en sus presentaciones con Michel Camilo, Jane Bunnet, Paquito D'Rivera, J.P. Torres, Brian Lynch, Giovanni Hidalgo, David Sánchez, BBC Big Band, Horacio "El Negro" Hernández, Arturo Sandoval, Dave Valentín, Steve Khan, Dafnis Prieto, Fahir Atakoglu, Dave Samuels, Siedah Garret y otros.
En el año 2002 se unió al trío de Michel Camilo actuando en la mayor parte de los circuitos importantes del jazz del mundo. La grabación del Album "live at the Blue Note", Charles Flores con el trío de Michel Camilo obtuvo el Grammy del Album de mejor Latin Jazz en el año 2004.
En el 2010 se reencuentra con Isaac Delgado y este lo invita a tocar en el disco Love (Calle 54), un tributo a Nat King Cole que produjeron Fernando Trueba y Nat Chediak.
Charles Flores enciende al mundo del jazz con sus presentaciones inspiradoras y poderosas.
Flores murió, víctima de cáncer, en Hartford, Connecticut, Estados Unidos.