Nació en Ponce, Puerto Rico. Se destacó como pedagogo durante más de treinta años. Profesor de diferentes niveles de enseñanza e investigador en aspectos de Paidología, fue también autor de artículos, tratados y libros de texto. Ocupó numerosos cargos públicos, principalmente en el campo de la educación. Puertorriqueño de nacimiento, fue nieto del notable pedagogo de ese país: D. Nicolás Aguayo, considerado uno de los educadores más prominentes de dicha isla. Allí cursaría sus primeras letras hasta los trece años de edad, en que su familia emigró a Cuba producto de sus ideas independentistas.
Se graduó de Licenciado en Derecho en la Universidad de La Habana, durante el curso 1891-92. Obtuvo el Doctorado en Pedagogía, en 1903, y culminó sus estudios de Filosofía y Letras en 1906.
Luchó contra el empleo de métodos escolásticos en la enseñanza y por lograr que se reconociera el papel de la personalidad y la importancia de la Psicología Infantil. Divulgó las corrientes más modernas de su época en el terreno pedagógico, entre las que se destacaba el Pragmatismo norteamericano encabezado por John Dewey.
Fundó durante 1912 un Laboratorio de Paidología en la Universidad de La Habana, para llevar a cabo mediciones físicas y psíquicas de los niños. Impulsó también la formación de maestros, a través de su labor como fundador y profesor de la Escuela Normal de Verano. Redactó numerosos libros de texto para la enseñanza primaria, y fue autor de tratados de Pedagogía, Psicología y Didáctica, entre otros. Al ser clausurada la Universidad de La Habana durante la dictadura de Gerardo Machado, organizó la Academia Pedagógica de La Habana, para atender la superación de profesores y maestros.
Colaboró en importantes publicaciones periódicas de aquellos años, como las revistas: La Instrucción Primaria, Cuba Pedagógica, Revista de Educación y Patria, donde aparecen numerosos artículos suyos. Resultó una figura muy polémica, ya que fue principalmente un divulgador de las corrientes del momento, pero con ausencia de crítica y sin que su obra se destaque por la originalidad. Se ha señalado también su posición apolítica, la
cual lo mantuvo alejado de la realidad social a la que debía haberse vinculado como educador. Algunos de sus estudiosos le atribuyen una postura anticomunista, así como contraria a la enseñanza laica y a la coeducación.
Desarrolló su labor docente en la Escuela del Círculo de Trabajadores de La Habana (1884), en la cual llegó a ser su Director, así como en el Instituto de San Manuel y San Francisco y en el Colegio La Divina Caridad. Vivió exiliado en Puerto Rico y en Estados Unidos entre 1895-1897, con motivo de la aparición de un folleto independentista escrito por su padre y atribuido a él. Fue funcionario de la Dirección Escolar de La Habana y Superintendente de Escuelas durante la Primera Intervención Norteamericana. A partir de 1903 fue Profesor Auxiliar de Psicología en la Escuela de Pedagogía, y Profesor Titular de esa asignatura, así como de Historia de la Pedagogía e Higiene Escolar, en dicha Facultad de la Universidad de La Habana, entre 1912 y 1914.
Desde 1913 fue miembro de la Agrupación Pedagógica Universitaria, que fuera presidida por el pedagogo Luciano Martínez. Durante la dictadura de Gerardo Machado fue detenido por sospechas de subversión. En 1944 fue designado Profesor Emérito de la Universidad de La Habana.
BIBLIOGRAFIA ACTIVA:
“Pedagogía.” En: Manual o Guía para los exámenes de maestros bajo la dirección del Dr. Carlos de la Torre. T. 1. Librería la Moderna Poesía, La Habana, 1904
La Escuela Novísima. Escuela del Porvenir. Imprenta El Avisador Comercial, La Habana, 1909; La Escuela Primaria como debe ser. Imprenta La Propagandista La Habana, 1916
Lecciones de Higiene Escolar. Cultural, La Habana, 1929; Didáctica de la Escuela Nueva. Cultural, La Habana, 1932
Filosofa y nuevas orientaciones de la educación. Cultural, La Habana, 1932
Los cursos de estudios: organización, evaluación y revisión. Cultural, La Habana, 1939
La democracia y su defensa por la educación. Cultural, La Habana, 1941
Ensayos sobre la educación de la postguerra. Cultural, La Habana, 1944.
BIBLIOGRAFIA PASIVA:
Aguayo, Jorge. Bibliografía de Alfredo M. Aguayo. Cultural. La Habana, 1950
Jesualdo. 177 educadores de América. Pueblos Unidos, Montevideo, 1945
Maza, Piedad. La Ciencia y la Filosofa en la obra educacional del Dr. Alfredo M. Aguayo. Universidad de La Habana, La Habana, 1942.