Nació en La Habana,su padre fue el ilustre educador don Joaquín Andrés de Dueñas.
Se graduó de Bachiller en Artes en 1873 y en 1878 obtuvo el título de Bachiller en Medicina y Cirugía. Recibió su Licenciatura dos años más tarde y en el mes de diciembre de 1881 hizo su grado de Doctor en Medicina y Cirugía.
Desde el momento de su graduación el doctor Dueñas inició una labor científica extensa que mantuvo a través de su vida.
Durante los primeros años de médico se interesó particularmente en el estudio de la Neurología, contribuyendo con diversos aportes importantes a esta rama de la medicina. También realizó estudios sobre ciertos tópicos dentales y demostró un vivo interés por la Antropología. En este sector su trabajo: "Los parecidos faciales" fue comentado favorablemente por diversas autoridades nacionales y extranjeras, debiendo citar entre estos últimos al destacado sabio francés Charles Richet.
Ya por el año 1884 comienza el doctor Dueñas a interesarse en el estudio de la enfermedades infecciosas en el cual iba a alcanzar más tarde un particular relieve científico.
A partir de 1891 sus trabajos se dirigen casi exclusivamente hacia el campo de la pediatría continuando sus observaciones brillantísimas sobre enfermedades infecciosas y haciendo repetidas contribuciones al siempre importante tema de las diarreas infantiles. También se ocupó el doctor Dueñas de la alimentación del lactante en los trópicos: de las pielitis, las pleuresías, la etiología de la tuberculosis infantil, etc.
Entre sus publicaciones más brillantes debe destacarse su trabajo sobre la relación entre el escorbuto y las anemias perniciosoides refractarias en el niño. Este tema, señoras y señores, ha sido revivido en los últimos años por los interesantes trabajos de D' Amato, en Italia y de Suelzer y May, en los EE.UU. de América, los cuales han demostrado que, efectivamente, la carencia de vitamina C interviene en la producción de anemias megaloblásticas en el niño.
La envergadura de las publicaciones del doctor Dueñas queda perfectamente demostrada, por el tipo de las revistas en que aparecieron muchos de sus trabajos, siendo colaborador asiduo de los Archivos de Pediatría de New York y de los Archivos de Pediatría de Buenos Aires. Muchas de sus publicaciones locales que vieron la luz en la Crónica Médico Quirúrgica, Revista Médica Cubana y Revista de Medicina y Cirugía, fueron reproducidas o comentadas por diversas autoridades americanas y europeas.
Su reputación científica queda consolidada cuando en el año 1907 fue seleccionado para desarrollar los capítulos de Dengue y de Muermo en el Tratado Enciclopédico de Pediatría de. Pfaundler y Schlossmann Esta contribución del doctor Dueñas fue de un valor extraordinario pudiendo decirse que los capítulos por él escritos constituyen verdaderas joyas de la Clínica Pediátrica aún en la actualidad.
El entusiasmo científico de Joaquín Dueñas no se limitó a la publicación de numerosísimos trabajos y a la presentación de un número también considerable de conferencias; realizó, además, una labor extraordinariamente activa en diversas sociedades científicas y contribuyó también al desarrollo de diversas revistas médicas. Fue miembro prominente de la Sociedad Antropológica de Cuba y de la Sociedad de Estudios Clínicos de La Habana, ostentando en ésta el cargo de Secretario, al que fue reelecto en dos ocasiones.
Su personalidad científica rebasó los límites del campo pediátrico nacional. Fue ponente en diversos congresos internacionales y ocupó en casi todos ellos cargos de presidente o secretario de las secciones de pediatría.
Aparte de la aceptación de sus trabajos en las principales revistas extranjeras y de haber sido seleccionado colaborador de la Enciclopedia de Pfaundler y Schlossmann, hechos ya señalados, su reputación internacional quedó acreditada por diversos honores que justificadamente le fueron conferidos. El doctor Dueñas fue nombrado colaborador de los Archivos Italianos de Pediatría por el profesor Soma, su director; fue invitado a participar en el Mitin de la American Medical Association, en Boston, en el año 1906, y para cerrar con broche de oro este brillante historial fue electo miembro de número de la Sociedad Pediátrica de París pocas semanas antes de su muerte.
Su extraordinaria competencia en el importante campo de la Epidemiología queda ilustrado por una larga lista de contribuciones: sus brillantes conceptos sobre las fiebres reinantes presentados en la memorable sesión del 17 de agosto de 1893 a Estudios Clínicos precedieron en varios meses a los trabajos de Achard y Besaudé sobre las fiebres paratíficas. Su brillante monografía sobre el diagnóstico de la fiebre amarilla es un aporte valioso al estudio de la citada enfermedad. Señaló además el doctor Dueñas los inconvenientes de uso exagerado de la quinina, que prevalecía en aquella época. Por su gran capacidad en el terreno epidemiológico fue llamado para formar parte de la Comisión Nacional de Salubridad y seleccionado en los EE.UU. de América como miembro de la Comisión Americana de Fiebre Amarilla, presidida por el coronel Lee.
Su labor en el ejercicio de la profesión ya vemos que fue muy activa y destacada. Durante sus años de exilio en los EE.UU. de América, obtuvo la licencia para ejercer la profesión en el estado de la Florida primero y en de Pennsylvania después.
De vuelta a la patria, además de la exigencia de atender una numerosa clientela, el doctor Dueñas desempeñó diversas plazas en los servicios públicos. Fue médico del hospital Las Ánimas en 1899 y 1900. Médico Visitante de la Escuela Industrial de La Habana para niños huérfanos, de la Sala de Niños del Hospital No 1 y del Dispensario "Tamayo".
Por su gran prestigio científico y profesional fue llamado en diversas ocasiones para formar parte de tribunales para la provisión de cátedras o la adjudicación de premios en la Universidad de La Habana.
Para completar tan extensa hoja de servicios y demostrando una vez más su condición de hombre superior que avanzaba sobre su época en conocimientos, el doctor Dueñas contribuyó de una manera importantísima a la formación del primer Colegio Médico en nuestro país y se preocupó debidamente de los problemas sociales de la infancia, como lo demuestra su trabajo en el Servicio de la Inspección Médica Escolar de La Habana.
Como político fue patriota de ideas liberales, fue ejemplar como jefe de familia, cariñoso esposo y amantísimo padre. En el ejercicio de su profesión fue compañero intachable y trabajador asiduo.
De toda esta labor prolija y fecunda se deduce que hay que coincidir con el doctor Grande Rossi en que "Dueñas no poseía una cualidad que sobresaliera sobre las otras pues todas eran igualmente notables en el ilustre especialista".
La muerte prematura de Dueñas en una etapa quizás la más activa de su vida científica fue una pérdida irreparable para la pediatría cubana, como dijera en una oración a su memoria el doctor Jesús Alfredo Figueras, nuestro compañero de curso, a la Sociedad de Estudios Clínicos de La Habana en abril de 1911:"Los niños de Cuba han perdido a su mejor amigo, la medicina cubana está de duelo".
Hemos hablado hace unos momentos de lo que podían llamarse las condiciones excepcionales que el doctor Dueñas desempeñara como padre en el seno de su distinguida familia; de ello resulta una demostración palpable la terrible impresión que su espíritu recibiera llegando a anonadar todas estas condiciones especiales antes expuestas de su capacidad sin límites, fue cuando en el año 1905 tuvo la desgracia de perder a su único hijo varón, ya en los momentos en que recibiera el título de Ingeniero Civil en nuestra Universidad Nacional.
Se observó cómo en ese período de cerca de dos años su producción científica se extinguiera súbitamente, pero hombre de lucha, al fin hubo de reponerse de tan terrible dolor buscando en el trabajo y producción científica un lenitivo a tan terrible pena.
Después de esta circunstancia que hacemos resaltar como una condición brillante de su carácter, el doctor Dueñas hubo de alcanzar sus más altos honores, realizando el sueño dorado de toda su vida, ser seleccionado para formar parte de la Sociedad de Pediatría de París. Es después de esta jornada gloriosa, en el año 1910, que retorna a su patria si bien cargado de honores, pero ya herido de muerte, sucumbiendo tristemente para todos en diciembre de 1910 a los 51 años de edad.
Es preciso pues, concebir la historia médica del doctor Joaquín L. Dueñas, primero por su dedicación todavía no definitiva hacia la Clínica Infantil y en la que sus trabajos neurológicos fueron importantes, como por ejemplo: "El cerebro ante la ciencia moderna", "¿El volumen y forma del cerebro están siempre en relación con el grado de inteligencia del individuo?", "Afasia", "Los parecidos faciales", etc. Otra fase francamente del estudio y trabajo epidemiológico que aclara entre nosotros conceptos equivocados como lo fueran por ejemplo su contribución al estudio clínico de las diarreas infantiles, su monografía sobre las fiebres paratíficas, "Sobre las fiebres reinantes", su estudio sobre la tuberculosis infantil y su diagnóstico, los exclusivamente dirigidos a modificar la dietética del niño en nuestro país: "La alimentación de los niños en Cuba"; al lado de las ya mencionadas deficiencias alimenticias como hemos ya expuesto; al considerar su estudio sobre las enfermedades de Barlow; todo ello de importancia es verdad que relativa en relación con el momento actual, pero algunas que sentaron bases y dieron, desde luego, a su personalidad toda la importancia que adquiriera no solamente en nuestro país, sino en el extranjero.