Destacado patriota cubano de las guerras de independencia del siglo XIX. Tuvo su participación más sobresaliente en la Guerra de los Diez Años.
Nació en la ciudad de Santiago de Cuba, donde realizó sus primeros estudios, en el Seminario de San Basilio el Magno. Más tarde, en La Habana, ingresó en el Colegio El Salvador. Se graduó como ingeniero en la Real y Literaria Universidad de La Habana; y completó su formación en París y en Nueva York.
Nombrado ingeniero-jefe en Cuba de la compañía inglesa Bristish and American Company, dirigió los trabajos de construcción del ferrocarril de Trinidad a Casilda, y también de la línea férrea de Caibarién a Sancti Spíritus, ambos en la región central de la Isla.
También ejerció el periodismo, en el que se inició como colaborador del periódico reformista El Siglo. Al momento del estallido independentista de 1868 era director del periódico habanero El País.
Desde ambos órganos de prensa se relacionó con destacados intelectuales reformistas y revolucionarios cubanos.
Al iniciarse, el Diez de octubre de 1868, la Guerra de los Diez Años por la independencia de Cuba, Francisco Javier Cisneros se vio obligado a emigrar, por sus ideas separatistas, a Estados Unidos, adonde arribó el 27 de noviembre de 1868. Se incorporó rápidamente a la Junta Revolucionaria de Nueva York, y participó en la organización de varias expediciones armadas, para introducir en Cuba logística y hombres destinados a la contienda emancipadora.
Entre las expediciones por él organizadas, dirigidas y conducidas, sobresalen la del vapor Perrit (mayo de 1869), de la que fue jefe de mar hasta llegar a la bahía de Nipe, en la costa norte del oriente cubano; la del yate Anna (enero de 1870), que partió de la ciudad de Charleston y desembarcó por la ensenada de Covarrubias, también en la zona oriental; la del vapor George B. Upton (mayo de 1870), que llegó a costas cubanas por Punta Brava, cerca de la bahía oriental de Manatí; la que llevó a cabo en el mismo vapor en junio de 1870, hasta la punta de Samá, en la costa norte de Holguín, y la expedición del vapor Hornet, que desembarcó también por Punta Brava.
En esos años de ardua lucha patriótica, Cisneros fue apresado en tres oportunidades, y condenado a pena de muerte, sentencia que nunca se cumplió.
Durante aquellos años iniciales de la lucha independentista cubana, Cisneros realizó gestiones ante el gobierno colombiano, junto con el patriota Manuel de Quesada y Loynaz, para conseguir ayuda bélica que sumar a la causa cubana, y logró armar en el Valle del Cauca un contingente invasor de trescientos colombianos, prestos a combatir por Cuba. En la referida expedición del Hornet de enero de 1871 pudo enrolar a más de sesenta colombianos. También como parte de su labor revolucionaria, recorrió afanosamente varios países de Latinoamérica. Solo en 1872, visitó Chile, Perú, Venezuela y Jamaica.
En 1873, durante una estancia en París, trabó relación con el empresario colombiano José Germán Ribón, quien le propuso que dirigiera en su país la construcción del proyectado ferrocarril de Antioquia. La respuesta de Cisneros quedó pendiente, por sus múltiples ocupaciones.
Al concluir su participación en la contienda cubana, Francisco Javier Cisneros ostentaba el grado de general de brigada del Ejército Libertador de Cuba. Residía entonces, desde el 4 de febrero de 1874, en Colombia.
Mediante contrato con Marco Aurelio Arango, Secretario de Obras Públicas de Colombia, Cisneros asumió la responsabilidad de construir el ferrocarril de Antioquia, que tendría 51 kilómetros de largo. El 28 de noviembre de 1874 comenzaron los trabajos. En 1879 el contrato se reformuló para extender la vía hasta Medellín, con lo que su longitud se amplió hasta 201 kilómetros. Al año siguiente se pusieron en funcionamiento los primeros 47 kilómetros, pero la revolución liberal colombiana de 1885 obligó a detener las obras.
Mientras ejecutaba esos trabajos, Cisneros firmó en 1878 otro contrato, para la construcción del ferrocarril del Valle del Cauca –de 138 km de largo-, con el general Julián Trujillo, quien representaba al gobierno colombiano. El punto de partida de la nueva obra sería Buenaventura, en la ribera oeste del río Cauca. En 1882 estuvieron listos los primeros 20 km, entre Buenaventura y Córdoba, que unieron al Cauca con el océano Pacífico. La vía fue terminada en su totalidad en 1914, varios años después de la muerte de Cisneros.
El prestigioso ingeniero cubano tuvo a su cargo la edificación de otra importante línea férrea, La Dorada, que desde 1881 atravesó el estado colombiano de Tolima, en recorrido paralelo al río Magdalena.
Entre 1881 y 1883, construyó el ferrocarril Girardot- Tocaima, de 30 km de longitud, aunque la totalidad de la vía llegó a remontar, tiempo después, 46 km.
En 1888, al finalizarse los trabajos del ferrocarril en el estado de Bolívar, que conectaba a la ciudad portuaria de Cartagena de Indias -en la costa del Mar Caribe- con el interior del país, se realizaron festejos en la ciudad de Barranquilla para su inauguración. Francisco Javier Cisneros fue homenajeado públicamente, en reconocimiento a sus méritos, en el marco de las celebraciones.
El transporte fluvial a través del río Magdalena recibió también impulso del trabajo de Cisneros, quien, a finales de 1877, creó condiciones para la circulación de buques destinados al tráfico de viajeros y mercancías por esa vía.
Los esfuerzos y grandes aportes de Francisco J. Cisneros fueron de conocimiento de José Martí, quien en más de una ocasión le dedicó públicamente merecidos elogios. En el periódico revolucionario Patria, Martí escribió el 12 de agosto de 1893 un artículo titulado “Un cubano real”, dedicado a homenajear su figura.
Francisco Javier Cisneros tuvo una activa vida política y revolucionaria durante la Guerra de Independencia. Contribuyó con sus economías a la labor de los patriotas de la Isla y fundó en tierra colombiana varios clubes revolucionarios, como los denominados Maceo, Martí, Ríus Rivera y Cisneros. Sostuvo correspondencia escrita con el Delegado del Partido Revolucionario Cubano, Tomás Estrada Palma -quien asumió su dirección tras la caída en combate de José Martí, el 19 de mayo de 1895-, en relación con esas colaboraciones.
Francisco Javier Cisneros falleció el 7 de julio de 1898 en un hotel de la ciudad norteamericana de Nueva York.