General de división del Ejército Libertador de Cuba en la Guerra de Independencia. Fue el encargado de dirigir y organizar el Departamento de Expediciones.

Juan Emilio Núñez Rodríguez, estomatólogo de profesión, nació en Sagua la Grande, Las Villas (en la región central de Cuba). Fue uno de los combatientes que participaron en las tres guerras independentistas cubanas durante la segunda mitad del siglo XIX.

Se incorporó a la Guerra de los Diez Años en julio de 1876, a las órdenes del general de origen norteamericano Henry Reeve. El día 4 de julio tomó parte del combate de Yaguaramas, donde cayó el general Reeve. A principios de 1878 se sumó a las tropas que comandaba Carlos Roloff en Las Villas, y terminó la guerra el 18 de marzo de 1878 con los grados de comandante.

En agosto de 1879 fue hecho prisionero, bajo acusación de conspirador, cuando intentaba participar en la Guerra Chiquita. Logró evadirse del Castillo de los Tres Reyes de El Morro, en La Habana, después de diecinueve días de prisión. Se alzó nuevamente en armas el 13 de noviembre del mismo año, y en diciembre el Comité Revolucionario Cubano de Nueva York lo ascendió al grado de coronel. Participó en acciones como Loma de Amaro, Viana, Los Abreu, Antón Díaz, Siguanea, Pozo Viejo y Las Hondonadas.

Al fracasar la Guerra Chiquita se resistió a deponer las armas, pero fue persuadido por José Martí en carta personal del 13 de diciembre de 1880, en que le recomendaba hacerlo. Así, fue el último en abandonar las armas en esa contienda.

Posteriormente se radicó en Estados Unidos. En marzo de 1884 ingresó a la Isla en una modesta expedición, pero fue delatado y capturado el dia 14 del mismo mes. Gracias a gestiones de sus familiares, se le permitió salir de nuevo hacia Estados Unidos. Fundador del Partido Revolucionario Cubano, fue fiel colaborador de Martí, y uno de los organizadores del Plan de Fernandina, expedición así llamada porque sus embarcaciones partirían hacia Cuba con vista al alzamiento armado desde el puerto de Fernandina, en la Florida.

Al estallar la Guerra de Independencia, en 1895, se le solicitó que permaneciera en la ciudad de Nueva York para reunir y organizar a los revolucionarios y partidarios de la liberación de la Isla por las armas. En Nueva York comenzó a coordinar una actividad por la cual después tuvo grandes reconocimientos: la organización y preparación de expediciones marítimas con destino a los campos de batalla en Cuba. Más adelante se le encargó de manera permanente esa misión.

Al crearse el Departamento de Expediciones como instancia interna del Partido Revolucionario Cubano, Tomás Estrada Palma designó a Emilio Núñez Rodríguez el 10 de febrero de 1896 como su jefe, aunque la fundación del Departamento no tuvo carácter oficial hasta el 2 de noviembre siguiente. Con el grado militar de coronel, Núñez Rodríguez fue ratificado en el cargo por el primer Consejo de Gobierno.

El 16 de diciembre del mismo año, ya en ejercicio de esa responsabilidad, fue ascendido al grado de general de brigada. Condujo personalmente, como jefe de mar, más de veinte expediciones hacia Cuba, ninguna de las cuales fue capturada. El Departamento se cerró de manera oficial el 3 de julio de 1898, día en que Núñez Rodríguez llevó a la Isla los dos últimos despachos, con más de 500 hombres, que desembarcó por Palo Alto, en la costa sur de Camagüey. Cuatro días más tarde recibió los grados de general de división.

El 24 de febrero de 1899, una vez concluida la guerra, fue uno de los cincos generales que acompañaron a Máximo Gómez en su entrada y recorrido oficial por La Habana. El 9 de marzo votó contra la destitución de Gómez, aprobada por la Asamblea del Cerro -institución legislativa de los patriotas cubanos surgida al finalizar revolución, aunque de vida efímera. Núñez Rodríguez también formó parte de la Junta Consultiva creada para debatir el licenciamiento del Ejército Libertador.

Se licenció el 15 de julio de 1899. El 27 de octubre siguiente, durante la primera ocupación militar de Estados Unidos en Cuba, el gobierno interventor lo designó como gobernador de la provincia de La Habana. En el mismo período fue electo representante a la Asamblea Constituyente de 1901 -órgano que redactó la Constitución- por la provincia de La Habana.

En las primeras elecciones de la república fue electo gobernador de La Habana, y continuó en ese cargo a través de varios sufragios, hasta 1908. En 1911 ocupó la presidencia de la Asociación Nacional de Veteranos y Patriotas. Durante el primer gobierno de Mario García Menocal fue secretario de Agricultura, Comercio y Trabajo (1913-1917), y en el segundo, vicepresidente de la república.

Murió en La Habana el 5 de mayo de 1922.