Mayor general. Abogado y político cubano que luchó en la guerra del 68. Presidente del Comité Revolucionario de Bayamo, para la organización del proceso conspirativo cubano que condujo a la Guerra de los Diez Años. Ocupó relevantes cargos en la República de Cuba en Armas y ejerció funciones de agente de la revolución en el extranjero.

Nació en Bayamo. Hijo de una familia acaudalada, llegó a poseer una fortuna calculada en tres millones de pesos, que incluía dos ingenios azucareros, medio centenar de haciendas, cafetales, vegas, potreros, estancias, casas urbanas y 500 esclavos, entre otros bienes.

Cursó estudios de bachillerato en el colegio habanero de Carraguao, uno de los más prestigiosos de la época.

Integró la primera logia conspirativa del Gran Oriente de Cuba y las Antillas -denominada Estrella Tropical No. 19-, a partir de la cual se fundarían otras en la región oriental.

El 2 de septiembre de 1867 viajó a Holguín, en calidad de venerable maestro de la logia, para fundar la logia Sol de Oriente -denominada más tarde Hijos de la Viuda-, y coordinó las acciones en las cuales intervendrían los holguineros en la proyectada lucha independentista. También contribuyó a la organización de logias en otras zonas, como la Buena Fe, de Manzanillo, cuyo venerable maestro fue Carlos Manuel de Céspedes y del Castillo.

El 14 de agosto de 1867 se dio un nuevo paso organizativo en el proceso conspirativo, al formarse el Comité Revolucionario de Bayamo, que presidió Aguilera, con Francisco Maceo Osorio en calidad de secretario. Como parte de las funciones del comité dirigidas a organizar y extender a todo el país el movimiento independentista, realizó entonces visitas a Santiago de Cuba y a Puerto Príncipe.

Fue partidario de postergar el inicio de la lucha armada hasta que concluyera la zafra azucarera 1868-1869, que podía aportar recursos para la organización del levantamiento en el país. Esa tesis prevaleció en la reunión efectuada en la finca Muñoz, de Las Tunas, con los representantes de los diversos grupos de conspiradores. Pero la crítica situación económica, social y política existente en la colonia, agravada por la crisis de 1867, hacía insostenible el criterio de aguardar por el fin de la zafra. Los alzamientos espontáneos ya comenzaban en determinadas localidades de Oriente, y entre el 5 y el 6 de octubre de 1868, en reunión efectuada por Carlos Manuel de Céspedes con un grupo de manzanilleros en el ingenio El Rosario, se acordó llevar a cabo el levantamiento, el cual ocurrió cuatro días después de ese encuentro.

Al recibir la noticia del estallido del movimiento, Aguilera se levantó en armas el día 17, en su hacienda Santa Ana del Cayojo. Céspedes lo nombró general de división y le impartió instrucciones para que cubriera el camino de Holguín, con el objetivo de evitar el movimiento de tropas españolas que fueran a reforzar la sitiada guarnición de Bayamo.

Al tener lugar la Toma de Bayamo, el 20 de octubre siguiente, y la consecuente constitución del primer centro político, administrativo y militar de la revolución, Aguilera -como Pedro Figueredo Cisneros, Lucas del Castillo y otras figuras relevantes de esa localidad- se subordinó a Céspedes, lo que significó otro importante paso de avance en la unidad.

Junto con los también generales Modesto Díaz y Luis Marcano, de la jurisdicción bayamesa, quedó al mando de las tropas al norte y sur del río Cauto, y de las de Manzanillo, con el objetivo de mantener en asedio a esta última ciudad y activar la insurrección en Bayamo.

En marzo de 1869 volvió a adoptar una posición muy favorable a la conservación de la unidad en las filas libertadoras, tras producirse el nombramiento de dictador del general Donato Mármol, jefe de la jurisdicción de Jiguaní, con el consecuente desconocimiento de la autoridad de Céspedes. Las entrevistas sostenidas por Aguilera con Mármol, así como la enérgica posición cespedista, posibilitaron que se desistiera del intento divisionista.

Al mes siguiente, Céspedes, elegido presidente de la República de Cuba en Armas en la Asamblea de Guáimaro, nombró a Aguilera como secretario de la Guerra, con la aprobación de la Cámara de Representantes, órgano legislativo de la revolución. Aguilera ocupó el cargo hasta inicios de 1870, cuando la Cámara creó el puesto de vicepresidente y fue designado para asumirlo.

El 24 de febrero de 1870 el órgano legislativo le concedió el grado de Mayor General, a propuesta del Presidente de la República, y el 8 de marzo siguiente Céspedes lo nombró Lugarteniente General del Estado de Oriente.

En agosto de 1871 llegó a Estados Unidos como enviado especial de Céspedes, para resolver los conflictos existentes entre las facciones directivas de la emigración, y también para allegar recursos y remitir armas a Cuba. Desde el inicio de sus labores debió enfrentar la hostilidad de los seguidores de Miguel Aldama, representantes de los intereses del sector esclavista de la burguesía cubana, y de los de Manuel de Quesada y Loynaz, designado agente especial por Céspedes.

En 1872 cesaron sus funciones en el exterior, una vez que el presidente decidió nombrar agentes confidenciales a Quesada y a Carlos del Castillo. Al comunicarle su cesantía, Céspedes le explicó que tenía por objeto facilitarle su retorno a Cuba, dado su cargo de vicepresidente.

A pesar de esa decisión, Aguilera continuó en su empeño de organizar una expedición con armas para la Isla, por lo cual decidió colaborar en las gestiones expedicionarias que encabezaba Quesada y, sin pretenderlo, se enemistó con los seguidores de Aldama.

En vano fue llamado para que ocupara la presidencia de la república al ocurrir la deposición de Céspedes, pues había prometido que solo regresaría con una gran expedición. Su situación se haría más difícil cuando el presidente interino, Salvador Cisneros Betancourt, decidió nombrar a Aldama como su representante en el exterior y desplazar a Quesada de esa dirección.

El 21 de marzo de 1876, por la renuncia forzada de Cisneros Betancourt y ante la ausencia prolongada de Aguilera, la Cámara acordó que el nuevo presidente, Juan Bautista Spotorno, dejara su condición de interino y ocupara el poder ejecutivo de la República de Cuba en Armas.

Otra disposición de la Cámara, del 12 de abril del mismo año, establecía el cese de las funciones de Aguilera en su cargo constitucional, a partir de la fecha de deposición de Carlos Manuel de Céspedes.
Durante su gestión en el extranjero, Aguilera organizó cinco expediciones que fracasaron. En una ocasión llegó hasta Jamaica y Nassau, sin poder arribar a Cuba.

Enfermó de cáncer y, a pesar de su antigua opulencia, los emigrados lo veían caminar al final de su vida por las frías calles neoyorquinas con los zapatos destrozados. A modo de nota final a esta notable vida dedicada a la independencia de Cuba, a comienzos del siglo XX los tribunales concluyeron que, pese al sacrificio de la fortuna familiar en la revolución de 1868, a cada uno de los hijos de Aguilera le correspondían por toda herencia 6.000 pesos, asignados en terrenos yermos y solares arrasados.

Francisco Vicente Aguilera falleció en Nueva York, el 27 de febrero de 1877.