Proveniente, tanto por la línea paterna como por la materna, de familias instaladas en su país desde los inicios de la colonización española e involucradas en la vida política, económica y cultural en diversas etapas de su historia, Mons. Carlos Manuel de Céspedes García-Menocal nació en La Habana.

Estudió la enseñanza primaria y secundaria en el Colegio "Champagnat" de los Hermanos Maristas de la Víbora, en La Habana. Terminado el bachillerato pasó a la Universidad de La Habana en la que inició los estudios de Derecho; permaneció en ella, aún después de haber comenzado sus estudios en el Seminario, hasta que fue cerrada durante el gobierno del General Fulgencio Batista en diciembre de 1956.

En septiembre de ese año había ingresado en el Seminario "El Buen Pastor" de La Habana, en el que comenzó sus estudios eclesiásticos (Humanidades y Filosofía). En 1959 viajó a Roma a terminar dichos estudios en la Pontificia Universidad Gregoriana, en la que obtuvo el grado de Licenciado en Teología en 1963. Fue ordenado sacerdote en Roma el 23 de diciembre de 1961.

Durante los cuatro años de residencia estable en Europa realizó cursos de verano de idiomas, literatura y pensamiento filosófico en instituciones de París, Lovaina, Arolsen (República Federal Alemana) y Viena. Regresó a Cuba en agosto de 1963.

Entre 1963 y 1966 fue Vicerrector del Seminario "El Buen Pastor", desde 1966 hasta 1970, fue Rector del Seminario "San Carlos y San Ambrosio”. Desde febrero de 1964 hasta febrero de 1967 tuvo a su cargo la sección "Mundo Católico" en el Diario "El Mundo" de La Habana (ya desaparecido), y ha publicado ensayos, artículos y poemas en distintas publicaciones, católicas o no, en Cuba y otros países.

Le han sido publicados los siguientes libros: Orientaciones actuales de la teología católica (cuaderno, La Habana 1995), Recuento (antología de artículos periodísticos, Miami 1992), Canciones del atardecer (poemas de 1992, Miami), Promoción humana, realidad cubana y perspectivas (ensayo, Caracas 1996), Érase una vez en la habana (novela, Madrid 1998), Fiesta innombrable (larga entrevista, poemas y ensayos, Holguín 1999), Pasión por Cuba y por la Iglesia (Biografía del Padre Félix Varela, Madrid 1999), Cuadernos varelianos (cuatro ensayos sobre temas varelianos, La Habana 1999), Zarpazos a la memoria (cuatro relatos testimoniales, Madrid 2001). Actualmente están en prensa otros dos libros suyos, la novela Detrás del silencio, en España, y otra biografía del Padre Félix Varela titulada Señal en la noche, en Cuba. Aparecen poemas y ensayos suyos sobre temas relacionados con Cuba, su cultura y su historia en obras colectivas publicadas en Cuba, España, Alemania, Estados Unidos y España.

El 10 de Julio de 1976 recibió la distinción pontificia de Capellán Papal. Desde julio de 1970 y hasta febrero de 1991 fue Director del Secretariado General de la Conferencia de Obispos Católicos de Cuba. De 1991 a 1995 fue Canciller del Arzobispado. Actualmente es Vicario General de La Habana y Vicario Episcopal de Marianao-Oeste de la Arquidiócesis de La Habana, miembro del Consejo de Redacción de la Revista Palabra Nueva. Con anterioridad, fue Presidente de la Comisión Arquidiocesana de Cultura, Secretario Ejecutivo de la Comisión Episcopal de Ecumenismo, Director del Centro Arquidiocesano de Estudios y de su revista Vivarium, que él fundó. Fue durante años miembro del Departamento de Ecumenismo, actualmente Sección de Ecumenismo, del CELAM. Ha sido miembro del Equipo de Reflexión Teológico-Pastoral también del CELAM y ha sido Consultor del Pontificio Consejo para la Cultura, en el Vaticano, desde 1984 hasta 2009. Ha participado frecuentemente en cursos de verano de la Universidad Complutense y de la Universidad de Salamanca, en España, país en el que ha impartido conferencias en diversas instituciones culturales sobre temas humanísticos y teológicos. Ha participado frecuentemente en eventos académicos análogos en Brasil, México, Colombia, Chile, Puerto Rico, Costa Rica, Gran Bretaña, Francia y Estados Unidos.

Simultáneamente, ha sido párroco de Santa Fe, Punta Brava y Guatao (1964 a 1972), párroco de Jesús del Monte (1970 a 1980), párroco del Santo Ángel Custodio (1980 a 1995) y párroco de San Agustín (1995-2014), en Miramar, La Habana , en donde residió hasta su muerte.

Desde 1963 es profesor en el Seminario de La Habana, en el que ha enseñado y enseña diversas disciplinas en la Sección de Humanidades y en la Sección de Teología. Ha ocupado ocasionalmente otras responsabilidades en la Iglesia Católica en Cuba.

En noviembre pasado dictó una conferencia en el Centro Cultural Padre Félix Varela en la que opinó que los "actuales cambios" de Raúl Castro parecen conducir a "un socialismo más participativo y democrático".

"Quienes me conocen bien, saben que el último camino, el del neoliberalismo, no es el que yo deseo para la Casa Cuba, sino más bien, el primero, el de un socialismo más participativo y democrático, al que parece nos desean conducir los actuales cambios en lento proceso de realización", señaló, según la revista católica Espacio Laical.

En 2011, De Céspedes había dicho en la televisión estatal de la Isla que la responsabilidad de los enfrentamientos entre la Iglesia y el régimen, en los años sesenta, era "compartida".

"Cuba no fue una excepción entre los gobiernos marxistas. En todos los países que fueron marxistas, desde el punto de vista ortodoxo, hubo conflictos con las iglesias", católicas y no católicas, opinó.

En esa intervención, calificó de "completamente normal" la relación entre la Iglesia Católica y el Gobierno cubano. "Mejor que en muchos" países, dijo.