Musicólogo y compositor. Fue director del Archivo Provincial de Música de Santiago de Cuba, e investigó profusamente sobre la historia de la música cubana y en especial la concerniente a Esteban Salas y a los archivos de La Catedral de Santiago de Cuba.

Nace en La Habana. Estudió armonía y cello con Ernesto Xancó; posteriormente continuó los estudios en Barcelona donde cursó armonía con Zamacois, y los completó en Moscú, Budapest y Praga, para especializarse en musicología.

De regreso a Cuba, integró el cuerpo de profesores de la Universidad de Oriente, en la que impartió clases de historia de la música general y música folklórica cubana. Fue profesor del Conservatorio Esteban Salas de Santiago de Cuba.

En 1959 fue nombrado director del Archivo de Música de Oriente, en Santiago de Cuba, ciudad en la que había iniciado en 1956 sus investigaciones sobre la vida y la obra de Esteban Salas, Cratilio Guerra y Pedro Boudet, todos maestros de la Capilla de Música de la Catedral santiaguera, así como en torno a Laureano Fuentes Matons, Silvano Boudet y José Bisbé; igual labor realizó en el Archivo de Música del Museo Bacardí.

Sobre la labor de investigación expresaría Hernández Balaguer:
«El trabajo de investigación musicológica que se viene realizando por parte de la Sección de Música de la Universidad de Oriente, no se ha limitado a la búsqueda y estudio de las obras musicales, sino que comprende, también, el sondeo de los archivos en todo aquello que pueda tener relación con la música, en especial, documentos que puedan contener datos relativos a la vida y actividad musical de los compositores estudiados, como son actas de ordenación, capitulares, reales cédulas, etcétera, a más de partidas de bautismo, defunción y otros documentos por el estilo.»

Esta labor de rescate, ese afán de hacer del pasado musical algo presente y cotidiano, tuvo su punto culminante cuando se adentró en la vida y obra de Esteban Salas, que fuera para él figura recurrente en todo momento. Esta pasión y la profunda significación que tuvo el presbítero y compositor habanero, dieron como resultado el estudio más completo que se ha realizado hasta la fecha sobre un músico cubano: Los villancicos, cantadas y pastorelas de Esteban Salas, obra que completa las referencias de Laureano Fuentes Matons en Las artes en Santiago de Cuba y los descubrimientos de Alejo Carpentier, expuestos en La música en Cuba. Además, se propuso escribir una historia de la música cubana en el período colonial, estudio que dividió por siglos: XVI, XVII, XVIII y XIX, este último periodizado de 1800 hasta 1898.

En sus investigaciones, Hernández Balaguer se apartó de los modelos de la historiografía europea al uso, que se seguían —y aún se siguen— en Cuba y el resto de los países de América Latina, y no incurrió en el error de medir el desarrollo alcanzado por nuestros compositores a partir de patrones foráneos. Situaba, sí, las influencias que ejercieron las escuelas y corrientes estéticas del Viejo Continente, pero sólo para reafirmar el modo de hacer nuestro —si cabe la expresión— en un momento en que Cuba conformaba su fisonomía como nación. Como compositor, mostró una exquisita y fina sensibilidad, no exenta de cierto aire criollo.

Obras
Lied, (para voz y piano)
Madrigal, (para coro)
Pastoral, (para piano), 1951
Divertimento, 1957
Elegía, inspirada en la figura de Frank País, 1958

Bibliografía activa
Esteban Salas. Cuatro villancicos. La Habana, Ediciones del Departamento de Música de la Biblioteca Nacional José Martí, s.a.; Obras de Esteban Salas. Santiago de Cuba, Universidad de Oriente, 1960
Esteban Salas. Claras luces. Villancico de Navidad a cuatro voces con violines y bajo. Santiago de Cuba, Universidad de Oriente, 1961; Esteban Salas. 3 obras litúrgicas. Santiago de Cuba, Universidad de Oriente, 1962
«Panorama de la música colonial cubana». Revista Musical Chilena (Santiago de Chile)(81-82): 201-208; julio diciembre de 1962
«La Capilla de Música de la Catedral de Santiago de Cuba». Revista Musical Chilena (Santiago de Chile) (90): 14-61, octubre-diciembre de 1964
Los villancicos, cantadas y pastorelas de Esteban Salas. La Habana, Editorial Letras Cubanas, 1986
El más antiguo documento de la música cubana y otros ensayos. La Habana, Editorial Letras Cubanas, 1986.