Poeta, educador, patriota, velador de la justicia y la juventud se esmeró por crear una base sólida desde la cual los jóvenes del mañana pudieran alcanzar un próspero futuro. Fue cónsul general de Cuba en Guatemala y compuso también la letra del himno nacional de la nación centroamericana.

Cursó la enseñanza primaria en las escuelas de los conventos de San Francisco y de Santo Domingo. En el Colegio San José, dirigido por José María Izaguirre, estudió la segunda enseñanza. Poco después de terminar sus estudios secundarios fundó, con Francisco Maceo Osorio, el periódico La Regeneración, en el que publicó sus primeros poemas.

Se incorporó a la Revolución de 1868 desde sus inicios y trabajó, en la zona de Bayamo, en el reclutamiento de hombres. Sirve de Ayudante de Campo a Carlos Manuel de Céspedes, Padre de la Patria, de quien Palma fuera su hombre de confianza durante la Guerra de los Diez Años. Fue designado entre los regidores del Ayuntamiento libre de la villa de Bayamo por las fuerzas cubanas que la tomaron. Estuvo entre los primeros en incendiar su propio hogar durante la famosa quema de la ciudad.

Muchos influyeron en el pensamiento de este patriota, desde Carlos Manuel de Céspedes hasta su maestro José María Izaguirre. Gran autodidacta, José Joaquín Palma escribió sus primeros artículos en el periódico La Regeneración. Fue uno de los principales redactores de El Cubano Libre, primer periódico del Ejército Libertador, que vio la luz en octubre de 1868 y cuya dirección tuvo a su cargo el poeta bayamés.

En aquellas 82 fechas de Bayamo sin bandera española (20 de octubre de 1868-12 de enero de 1869), devino coautor de una moción sobre la abolición de la esclavitud, en las discusiones para su aprobación, sentenció: "Si en Cuba esclava no puede haber hombres libres, en una Cuba libre no puede haber hombres esclavos"…

Debido a su participación en la guerra del 1868 se ve obligado a emigrar, se trasladó en 1873 a Jamaica, y posteriormente a Nueva York y Honduras, para finalmente establecerse en Guatemala donde aun se le considera el (...) más predilecto de sus hijos adoptivos. Ayudó a los cubanos dispersos por el extranjero, entre ellos a Máximo Gómez Báez. Recibió diversos homenajes, como el premio por su oda A Honduras, en su Primera Exposición Nacional y la medalla de oro que le entregó el presidente de la nación en 1879, por sus virtudes como patriota y como poeta, en 1882 publicó en Tegucigalpa el volumen Poesías de Juan Joaquín de la Palma. Adquirió la ciudadanía hondureña. Un año después regresó a Guatemala y alcanza el cargo de secretario del ex presidente Soto.

Se vio precisado a trabajar en la construcción del Canal de Panamá. De nuevo en Guatemala, se trasladó a Jamaica, de donde había recibido la noticia de la enfermedad de su esposa. Durante esta última etapa de su estancia en Guatemala, fue director de la Biblioteca Nacional y catedrático de literatura española en la Facultad de Derecho. Se hizo ciudadano guatemalteco. Retornó a Cuba al instaurarse la República en 1902. Rechazó el nombramiento para un alto cargo y aceptó la representación de Cuba en Guatemala con el cargo de Cónsul de Primera. Durante su estancia en Centroamérica fue un gran animador de la cultura. Vuelve a visitar a Cuba en 1906 y 1909.

Sus restos mortales descansan en Bayamo, su ciudad natal, desde Abril de 1951 cumpliendo su propia voluntad; expresada en uno de sus poemas escritos a principios del siglo pasado en el que pide, ante la cercanía de la muerte, …“solo un sauce y una tumba en la orilla sagrada del río Bayamo”.

Su actividad política en favor de la independencia de su país le obligó a exiliarse, lo cual condicionó su obra poética, que, por otra parte, se inscribe en la segunda generación romántica y destaca por su carácter colorista y melódico. Merecen especial mención sus elegías A Miguel García Gutiérrez, A María Granados, En el mes de noviembre y Las tinieblas del alma. Elogiado por numerosas personalidades históricas, políticas y humanísticas, entre las que se reconocen los perfiles de Carlos Manuel de Céspedes, Máximo Gómez, Rubén Darío y José Martí, José Joaquín Palma se inició tempranamente en los afanes literarios que hallan cauce en el periódico La Regeneración, que publicara con Francisco Maceo Osorio.

Su vida literaria desarrollada entre Honduras y Guatemala, aunque dependiente de las formas estróficas de la lírica tradicional española, porta el espíritu del país lejano, como matices permanentes de esa pulsión en la que se define la nostalgia y la esperanza, la ausencia y la presencia, los peligros y las advertencias en cuyo lirismo se precisa la intención de lo patriótico. De la obra literaria de Palma sobresale su poesía, que también es el género más divulgado entre los cultivados por él.

En su poética, correspondiente a la era del Romanticismo en Cuba, se aprecia el fervor del patriota, la dulzura del hombre de familia, las palabras de persona educada, la profundidad del pensador. Responde anónimamente a un concurso y con la maestría de su lira gana la convocatoria a la mejor letra para el Himno Nacional guatemalteco en 1896. Pero, evasor de las pompas, se calló ese mérito; 14 años después, enfermo de gravedad, confesó su autoría y lo premiaron con una corona de laurel de plata.

Es el autor de la letra del Himno Nacional de Guatemala Guatemala Feliz, cuya música es de Rafael Álvarez Ovalle.

Durante un tiempo residió en Guatemala. El autor de la letra del Himno Nacional, permaneció en el más profundo misterio hasta el 25 de julio de 1911, pues Palma antes de morir, reveló su secreto, de que él era el autor de la letra de dicho poema convertido en himno.