Nació en la ciudad de Puerto Príncipe, hoy Camagüey, fue un independentista cubano, protagonista del primer movimiento anticolonialista coherente y endógeno en Cuba, llevado a cabo sin muchas condiciones objetivas pero con el tácito beneplácito de casi la totalidad de sus paisanos.

Era tenido en mucha estima de parte de los principeños (habitantes de la ciudad de Puerto Príncipe) de la época. Era vástago de una tradicional y prestigiosa familia de la localidad.

Hoy su nombre honra un distrito dentro de la ciudad, una calle importante del barrio "La Vigía", una escuela primaria, una plaza... Su nombre, obra y recuerdo son partes del legado intangible de la ciudad y un símbolo de la misma.

Como consecuencia de la tradición anticolonialista local, e influencias continentales, se alzó (declaró la guerra armada) en los manigua (campos y montes relativamente inaccesibles), comprometiendo su posición social y económica privilegiadas, contra la metrópoli española.

Presidió la Sociedad Liberadora de Camagüey. Imprimió panfletos contra el gobierno colonial. A pesar de reunir a varios grupos rebeldes a su alrededor, la falta de organización y el poco conocimiento militar con que contaban los llevó a fracasar en todas sus acciones, como fue el caso del intento de toma de la Ciudad de Las Tunas (a unos 130 km al este de Camagüey). Producto de la intensa persecución por parte de las tropas españolas decide intentar huir hacia los Estados Unidos, pero es delatado, capturado y torturado en el camino de regreso a la ciudad de Puerto Príncipe (Camagüey).

Allí es condenado a la pena de garrote vil, pero el verdugo fue envenenado, por lo que fue fusilado en compañía de tres de sus compañeros el 12 de agosto de 1851 en la entonces llamada Sabana de Méndez, al morir tenía solo 34 años. Hoy allí existe una Plaza que lleva su nombre, al final de la Avenida de los Mártires, en el norte de la ciudad de Camagüey.

En la ciudad de Puerto Príncipe el sentimiento anticolonialista estaba muy consolidado. A la muerte de este prócer la ciudad se sumió en un general y profundo luto. Se cuenta que las casas quedaron vacías pues todos se fueron a sus propiedades en el campo como protesta.

Tiempo después en la otrora Plaza de Armas (hoy Parque Ignacio Agramonte) se sembraron cuatro palmas reales para homenajear a Joaquín de Agüero y sus 3 compañeros caídos: Tomás Betancourt, Fernando de Zayas y Miguel Benavides, en silencio y discretamente, ya que había una expresa ordenanza que prohibía cualquier intento de erigir monumentos a los independentistas camagüeyanos.

Incluso la herencia oral nos lega que las jóvenes lugareñas se sentían ofendidas si se las confundía con españolas y por esto llevaban símbolos específicos en sus atuendos y tocados característicos para identificarse como criollas y patriotas.

Hay una historia no probada en lo absoluto, pero que matiza la importancia que los lugareños le daban a este mártir por la independencia y el grado de identificación que este precursor tuvo con la historia política y militar posterior contra España, que dice que Ignacio Agramonte, el principal líder camagüeyano de la guerra de independencia cubana de los Diez Años y modelo cívico y patriótico para los camagüeyanos hoy, mojó de adolescente su pañuelo en la sangre de Joaquín de Agüero y juró frente a su cadáver terminar la obra por la cual éste dio su vida.